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Nunja... du musst in das Verzeichnis wechseln, in dem sich die Datei befindet.
Wechseln kannst du ein Verzeichnis mit "cd Verzeichnisname". Einen Schritt zurück gehst du wieder mit "cd .."
Wenn du eine Shell (Eingabeaufforderung) öffnest, befindet man sich in der Regel im Home-Verzeichnis (/home/Benutzername)
Dort gibt es dann auch meistens ein Verzeichnis "Desktop"... liegt halt daran, dass man mein mit einer grafischen Oberfläche arbeitet, die dieses Verzeichnis erstellt.
Ergo musst du, wenn du dich in der Shell befindest, "cd Desktop" eingeben. Dort sollte dann dein ./myprogramm auch funktionieren.
Oder du gibst ./Desktop/myprogramm ein.
In welchem Verzeichnis du dich befindest kann du mit "pwd" ermitteln.
Um den Inhalt des aktuellen verzeichnisses anzuzeigen, gibt einfach "ls -al" ein.
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